В состав НИИ РПА Минюста России входят 3 структурных подразделения:

Научный центр противодействия коррупции

Образован в составе НИИ с целью проведения фундаментальных и прикладных научных исследований проблем противодействия коррупции и разработки научно обоснованных рекомендаций по:

• совершенствованию законодательной, правоприменительной и правоохранительной деятельности в политической, социальной, экономической и иных сферах жизнедеятельности государства и общества,
• предупреждения коррупции и борьбы с ней,
• ликвидации последствий коррупционных правонарушений.

В марте 2009 были образованы 12 региональных отделений.

Отдел мониторинга правоприменения и научного обеспечения юридической экспертизы проектов нормативных правовых документов

Образован в марте 2009 года. Организует работу по мониторингу правоприменения органами представительной, исполнительной и судебной власти и научного обеспечения юридической экспертизы проектов нормативных правовых документов.

Также разрабатывает тематику научных исследований по фундаментальным и прикладным проблемам в соответствии с научными направлениями отдела для включения в годовой план научно-исследовательских работ Академии и НИИ.

Лаборатория мониторинга правовой информации

Образована в ноябре 2009 года Приказом РПА Минюста РФ. Занимается организацией работы по мониторингу правовой информации посредством учета, классификации, оценки актуального состояния нормативных правовых актов всех видов и уровней на основе использования информационных технологий и средств обработки данных.

Также разрабатывает тематику научных исследований по фундаментальным и прикладным проблемам в соответствии с научными направлениями своей деятельности для включения в годовой план научно-исследовательских работ Академии и НИИ.