Основными направлениями деятельности НЦПК являются:

• Исследование проблем законодательства и правоприменения исходя из компетенции Минюста России, касающиеся вопросов государственной политики в сфере противодействия коррупции
• Проведение фундаментальных и прикладных исследований по вопросам развития и практики применения законодательства Российской Федерации, законодательства субъектов Российской Федерации, а также муниципальных правовых актов в сфере противодействия коррупции.
• Разработка учебных программ и учебно-методических комплексов с антикоррупционной составляющей в целях повышения квалификации сотрудников Минюста России и иных органов государственной власти.
• Проведение методологических и методических семинаров с практическими работниками государственных органов по вопросам предупреждения коррупционных рисков в их профессиональной деятельности, участие в научных и научно-практических конференциях, семинарах и иных мероприятиях по обмену опытом и обсуждению наиболее важных проблем, исследуемых Центром.
• Участие в составе рабочих групп и комиссий Минюста России и других органов государственной власти по вопросам противодействия коррупции.
• Взаимодействие с органами государственной власти, средствами массовой информации по вопросам, связанным с деятельностью Центра.
• Анализ законодательных и иных нормативных правовых актов субъектов Российской Федерации о противодействии коррупции на предмет их соответствия федеральному законодательству.
• Разработка системы антикоррупционного мониторинга правоприменения в целях своевременной корректировки законодательства, разработка предложений по созданию системы мониторинга общественного мнения для выявления коррупционных технологий в правоприменительной практике.
• Разработка критериев и процедур отбора, подготовки и ротации кадров для занятия государственных или муниципальных должностей, которые считаются коррупционно подверженными.
• Использование результатов проводимых в Центре исследований для подготовки в Академии высококвалифицированных специалистов по образовательным программам высшего, послевузовского и дополнительного профессионального образования с антикоррупционной составляющей.

(Положение о научном центре противодействия коррупции, раздел II п. 2.2.)